Em homenagem aos que pereceram na conquista de Elvas em 1230 e sobretudo na tentativa de 1226, D. Sancho II manda construir um memorial nos arrabaldes da vila, onde possivelmente já existiria uma mesquita: a igreja de Santa Maria dos Mártires.

Após a conquista de Elvas, a vila passou a pertencer eclesiasticamente ao bispado de Évora e foi dividida em quatro paróquias. Na zona mais alta temos Santa Maria de Alcáçova, sediada na igreja que foi mesquita, de seguida Santa Maria dos Açougues (onde está hoje a Sé), São Pedro e Salvador (demolida no séc. XIX).

Mas para além das sedes de paróquia, foram-se construindo, logo no séc. XIII, outras igrejas: o Convento de São Domingos, a igreja da Madalena (no local da actual Igreja das Domínicas), a igreja de São João Baptista (mais tarde conhecida por São João da Corujeira), a igreja de São Miguel (mais tarde denominada do Espírito Santo), a igreja de Santiago (onde está hoje a actual Igreja do Salvador), a igreja de São Dominguinhos (no local do actual Forte da Graça) e a igreja de São Mamede (no local do actual Fortim de São Mamede).

Poucos anos após a conquista cristã outra obra de destaque em Elvas enquanto vila portuguesa é o reforço da sua defesa. Tanto as cercas islâmicas como o castelo são mantidos e melhorados, passando este último a servir de aposento do alcaide. Quanto às muralhas islâmicas, a segunda continuou a cercar e defender a cidade até ao séc. XIV, quando passou a ser chamada de “cerca velha” ou “cerca do meio”.

O século XIV é um século de construções bélicas: atalaias, paióis e muralhas, mas é também o século da construção da Igreja de São Lourenço.

A segunda cerca islâmica havia entrado em ruína e perdia a pouco e pouco as suas funções militares. Se a população ia crescendo e estabelecendo-se já na parte de fora da cerca, também o seu fosso e barbacã iam sendo ocupados pelos moradores.

D. Afonso IV esteve em Elvas durante algum tempo e daria depois ordem para o início da construção da “cerca nova”, o terceiro pano de muralhas de Elvas. Ficou chamada de muralha fernandina por ser concluída já no reinado de D. Fernando. Esta muralha era constituída por 22 torres e 11 portas, umas abertas de início, outras não. Hoje em dia, só restam pequenos troços dela uma vez que ocupava praticamente o mesmo espaço que hoje ocupa a muralha seiscentista abaluartada e aquando a construção desta se destruiu/utilizou a primeira.

Com a construção da dita “cerca fernandina” outras alterações se fariam na segunda muralha islâmica porque ela não deixa de ter a sua função militar caso a “cerca nova” não resistisse. Nessas alterações ganha especial destaque a Torre Nova ou Torre Fernandina, situada na actual Rua da Cadeia. A partir do final do séc. XIV, a torre servirá como cadeia, função que teve durante vários séculos.

O reinado de D. Fernando (1367 a 1383) é marcado pelas Guerras Fernandinas e Elvas volta a estar na frente da batalha. Por terra, as invasões castelhanas sucederam-se e Elvas com a nova muralha resiste heroicamente a um cerco de 25 dias. Foi o suficiente para conseguir manter Lisboa incólume até à chegada da ajuda inglesa de 48 embarcações e 3000 guerreiros comandados por Edmund de Cambridge.

Um dos momentos decisivos da guerra também se daria aqui. Os dois monarcas decidem avançar a caminho de Elvas e estabelecem-se junto ao Rio Caia. João I de Castela apoiado pelas tropas francesas, vem com 5000 homens de armas, 1500 ginetes mais uns tantos besteiros e arqueiros. Os portugueses, apoiados pelos mercenários ingleses, somavam 6000 homens de armas, 1000 dos quais arqueiros. Mas, apesar de algumas escaramuças, o combate não veio a acontecer. O final resumiu-se no Tratado de Paz de Elvas.